Если приобретены товары (работы, услуги) за счет средств налогоплательщика, то суммы НДС правомерно относятся в состав вычетов. При последующем получении субсидий для компенсации этих затрат суммы НДС, принятые к вычету, подлежат восстановлению на основании подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК РФ.
В отношении доходов. Если налогоплательщики получают субсидии в рамках возмещения недополученных доходов в связи с производством и (или) реализацией товаров (работ, услуг), облагаемых НДС, то эти субсидии облагаются НДС.
НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет субсидий в соответствии со статьями 171 и 172 НК РФ, подлежат вычету. Такое разъяснение дано в письме ФНС России от 03.04.2018 № СД-4-3/6286@/