Добрый вечер, Григорий!
Если ваша организация получила субсидии из бюджетов бюджетной системы РФ в связи с применением государственных регулируемых цен, то в соответствии с п.2 ст.154 НК РФ, то такие субсидии НДС не облагаются. В этом случае НДС подлежит уплате только с тех сумм, которые получены от покупателей. НДС же к вычету принимается в полном объеме, не делится на пропорции.
Если вами получены субсидии из федерального бюджета на возмещение затрат по оплате товаров, работ, услуг, а также основных средств и нематериальных активов с учетом НДС, то НДС по таким субсидиям подлежит восстановлению в момент получения денег из федерального бюджета.
Если вашей организацией получены субсидии на возмещение понесенных вами затрат с учетом уплаченного НДС из регионального или местного бюджета, то по мнению Минфина восстанавливать НДС не нужно. Однако этот вопрос может быть спорным. Прежде чем принимать решение нужно получить ответ из вашей налоговой инспекции в письменном виде и им руководствоваться. Обратиться в налоговый орган вы можете через официальный сайт ФНС, далее по ссылке:
https://www.nalog.ru/rn50/service/obr_fts/