Налоговым документом для начисления и принятия к вычету НДС является счет-фактура. Поэтому для вычета сумм НДС по расходам на командировки также нужна счет-фактура и документы, подтверждающие фактическую уплату налога. Это может быть кассовый чек с выделенной в нем суммой НДС или бланк строгой отчетности с выделенной отдельной строкой суммой НДС. Данные документы работник прикладывает к авансовому отчету или включает в отчет о служебной командировке. Наличие только одного чека недостаточно для применения вычета по НДС.
Нормативные документы по данному вопросу:
Налоговый кодекс РФ (п.7 ст.171, п.1 ст.172);
Правила ведения книги покупок, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 № 1137 «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость» (п.18).