В соответствии со ст. 146 НК РФ арендатор не должен платить НДС за аренду у казенного учреждения, органов субъектов РФ и местного самоуправления имущества, принадлежащего им на праве оперативного управления.
Если организация и ИП арендует госимущество, принадлежащее ведомству на праве собственности, то в этом случае арендаторы обязаны платить аренду с учетом НДС.
Данное разъяснение ФНС с учетом сложившейся судебно-арбитражной практики доведено до территориальных налоговых органов и налогоплательщиков письмом ФНС России от 14.12.2017 № СД-4-3/25449@.