Несмотря на то, что стоимость работ по восстановлению имущества компенсирована страховой организацией по договору страхования, сумму входного НДС, относящегося к данным работам можно принять к вычету. Об этом сказано в письме Минфина России от 25.08.2017 №03-07-11/54642. Данная позиция Минфина основана на том, что в Налоговом кодексе нет такого запрета не принимать данный НДС к вычету. Согласно п.2 ст.171 НК РФ вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные налогоплательщику по товарам (выполненным работам, оказанным услугам), которые приобретаются для осуществления операций, облагаемых НДС. Вычеты производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами, после принятия на учет товаров (работ, услуг) и при наличии необходимых первичных документов.
Минфин считает, что при соблюдении выше перечисленных условий организация-заказчик имеет право принять к вычету НДС даже в случае компенсации восстановительных работ страховой организацией.