Добрый вечер, Надежда Викторовна!
Что касается налога на прибыль, то здесь налога не возникает, потому что нет прибыли. Так как налоговая база определяется как разница между полученными доходами и величиной произведенных расходов, которые определяются в соответствии с главой 25 НК РФ (ст.247 НК РФ).
Что касается НДС, то здесь ситуация может быть разная. Согласно п.5.1 ст.154 НК РФ при реализации автомобилей, приобретенных у ФЛ (не являющихся налогоплательщиками НДС) для перепродажи, налоговая база определяется как разница между ценой, определяемой в соответствии со ст.105.3 НК РФ, с учетом НДС и ценой приобретения указанных автомобилей. И здесь НДС нет.
Если автомобиль ранее был приобретен организацией у ФЛ (не являющегося налогоплательщиком НДС) для производственной деятельности, то положения п.5.1 ст.154 НК РФ не подлежат применению, т.к. автомобиль был учтен в составе основных средств, следовательно, приобретался не для перепродажи. Значит здесь должен быть исчислен НДС с реализации автомобиля.