В ходе ВНП инспекция установила, что ИП (арендодатель) получил от юридического лица (арендатора) денежные средства для возмещения затрат на проведение работ по восстановлению качества земель. В соответствии со ст. 39 и 146 НК РФ налоговый орган признал эту сумму оплатой за работы, выполняемые для восстановления качества земель иными лицами, то есть не арендатором. По закону такие выплаты облагаются НДС. По результатам проверки инспекция доначислила ИП НДС и пени.
ИП обжаловал решение налоговой инспекции в ФНС России. Он считал, что здесь нет операций, облагаемых НДС.
ФНС России установила, что юрлицо арендовало земельный участок у ИП. Соглашение между арендатором и арендодателем, предусматривало, что рекультивацию земель для восстановления плодородия почвы проводит арендодатель после возврата ему земельного участка. Что собственно и произошло. Арендатор, допустивший нарушение качества земель, перечислил ИП денежные средства для выполнения работ по их восстановлению. А это является предоплатой работ, с которой уплачивается НДС (ст. 39, 146 НК РФ). К такому выводу пришла ФНС России при рассмотрении жалобы.