В ходе ВНП инспекция установила, что ООО заявило вычеты по НДС и учло в составе расходов по налогу на прибыль приобретение поддонов (б/у) у спорных контрагентов. На самом спорные поддоны приобретались обществом за наличку у физических лиц без отражения таких операций в бухгалтерском и налоговом учетах. Таким образом налоговый орган доказал, что общество нарушило условия, установленные пп. 2 п.2 статьи 54.1 НК РФ, то есть в действительности товар был куплен не у спорного контрагента, а у стороннего физического лица, который не участвовал в договоре.
Организация не согласилась с выводами инспекции и обратилась в суд. Она считала, что все документы и условия для отражения данных операций в налоговом и бухгалтерском учете ею соблюдены. Суды трех инстанций пришли к выводу, что налоговый орган доказал отсутствие сделок между заявителем и вышеназванными контрагентами. Они указали, что налоговый орган обоснованно применил положения статьи 54.1.НК РФ при доначислении по налогу на прибыль, а правовые основания для применения расчетного метода определения налоговых обязательств отсутствовали.