В соответствии с п.10 ст. 89 НК РФ Налоговый орган имеет право провести повторную выездную налоговую проверку, если налогоплательщик представил уточненную налоговую декларацию, в которой указал сумму налога меньше ранее заявленной. В рамках этой повторной выездной налоговой проверки проверяется только период, за который представлена уточненная налоговая декларация. Налогоплательщик, не удовлетворившись решением ФНС обратился о правомерности проведения налогового органа о назначении повторной выездной налоговой проверки в Суд.
Позиция Федеральной налоговой службы была поддержана в судебных актах по делу № А40-213572/2015
Довод истца о пропуске налоговым органом срока на проведение повторной ВНП оставлен без удовлетворения, так как НК РФ не определен срок ее назначения, в случае, если налогоплательщик представил уточненную налоговую декларацию с меньшей суммой налога.